首先是缺少高层次尖端人才,北京市目前仅有7名中国工程院院士,1名中国科学院院士,平均年龄超过65岁,且其中有6名在医药卫生专业,分布极不合理,而上海市有两院院士18名,且专业分布合理;北京市目前的93名国家级突出贡献专家中,有22名已经退休,而上海市有102名;北京市4万名高级专业技术人员已进入退休高峰期,每年退休4000人,而全市45岁以下的高级专业技术人员仅占高级专业技术人员总量的28%。
北京市科技队伍结构分布:第一产业缺少大批适应农业商品化、专业化、现代化要求且安心农业生产第一线的专业技术人员;第二产业则有大批专业技术人员需要转换工作岗位及专业;第三产业中的金融、信息、通讯、仓储、咨询、房地产等行业又迫切需要大批不同层次的专业技术人员。从区域上,专业技术人员高度密集于城区,远郊区县仍因缺乏相应的专业技术人员而影响整体的发展。此外,部分长线和传统专业出现了专业人才过剩,而首都经济急需的电子信息、生物工程、新医药、新材料、机电一体化、复合型管理人才、高级会计师以及从事科技成果转化的人才还相当缺乏。
另外,由于十年“文革”造成的人才培养断层,北京市高级人才质量呈下降趋势,与1995年相比,高级职称人员中具有大学本科以上的人员由67.4%下降到63.8%。另一方面国有企事业单位专业技术人员流失严重,一些行业和单位的大学生流失率高达30%-40%。